/*
  Still not implemented / TODO's
   - Pair back the data to something usable on the ipad
   - Add GeneTable tab
   - Add data for other 2 reports
   - get filter panel working and button
   - evidence?
*/

// // the main data object arrays
// var diseases = new Array(); 
// var genes = new Array();
// var bioProcesses = new Array();
// var pathways = new Array(); 
// var topicArrays = new Array();
// var pageHeaders = new Array();
// var summary = new Summary();
// var evidence = new Evidence();
// var evidenceTypes = new EvidenceTypes();
// 
// var contextMgr;
// var selectionMgr;
// var geneMatrix;
// var details;
// 
// var reportId = null;
// 
// // The Default Page to load
// var gSelType = "processes";
// 
// 
// // RE - I just copied this 'as is' it could be paired down to just topicObj and viewState I think
// pageHeaders["processes"]   = {pageTitleImg:"processesTitle.png",  url:"topic.html",
//            rankTableTitle:"Biological Processes", 
//            topic:"Processes", topicObj:bioProcesses, topicType:"bioProcesses",
//            viewState:{orgBy:"none none", sizeBy:"processes count", colorBy:"gene foldChange"}};
// 
// 
// pageHeaders["diseases"]  = {pageTitleImg:"diseasesTitle.png", 
//            rankTableTitle:"Diseases",  url:"topic.html",
//            topic:"Diseases", topicObj:diseases, topicType:"diseases",
//            viewState:{orgBy:"disease evidence", sizeBy:"none none", colorBy:"none none"}};
// 
// pageHeaders["interactions"] = {pageTitleImg:"interactionsTitle.png",  url:"topic.html",
//            rankTableTitle:"Genes", 
//            topic:"Interactions", topicObj:genes, topicType:"genes",
//            viewState:{orgBy:"none none", sizeBy:"none none", colorBy:"interactions foldChange"}};
//            
// var detailsViewOptions = {genes:"rank", topics:"alpha"};   				

    
x$.ready(function(){

  // // Summary stuff..
  // x$("#sumBtn").click(function(e){
  //   gSelType = "summary";
  //   //x$("#expTitle").bottom(summary.experimentTitle.toTitleCase() );
  //  //x$("#expSummary").bottom(summary.experimentSummary);
  //  
  //   var studyDesign = summary.experimentDesign.split("\n");
  //   x$("#studyDesign").html(studyDesign[0]);
  //   var fdr;
  //    switch (summary.controlFDR) {
  //      case 'Y':
  //      case 'y':
  //        fdr = 'Yes';
  //        break;
  //      case 'N':
  //      case 'n':
  //        fdr = 'No';
  //        break;
  //      default:
  //        fdr = 'N/A';
  //        x$("#fdrDiv").css({display:"none"});
  //    }
  //    
  //  var pCutoff;
  //   switch(summary.pvalueCutoff) {
  //      case -1:
  //        pCutoff = 'N/A';
  //        x$("#p-valueCutoffDiv").css({display:"none"});
  //        break;
  //      case 1:
  //        pCutoff = '<span class="error">N/A (No significant DEGs in dataset)</span>';
  //        break;
  //      default:
  //        pCutoff = summary.pvalueCutoff;
  //    }   
  // 
  //    x$("#fdr").bottom(fdr); 
  //  x$("#p-valueCutoff").html(pCutoff);
  //   x$("#foldCutoff").html(summary.foldChangeCutoff);
  //   x$("#probesets").html(summary.numberOfDegs);      
  // 
  // });

});


// var renderDiseasesTable = function() {
// 
//   for (var i = 0; i < diseases.list.length; i++) {
//     var tr = document.createElement('tr');
//     var td = document.createElement('td');
//     td.innerHTML = diseases.list[i].desc;
//     tr.appendChild(td);
// 
//     var handle = (function(n) { 
//       return function(e) {
//         var gl = diseases.list[n].getGenesInContext();
//         geneMatrix.hiliteList(gl);
//       }
//     })(i);
// 
//     x$(tr).on('touchstart',handle);
// 
//     x$(tr).on('touchend',function(){
//       geneMatrix.dehiliteList();
//     });
// 
//     var td = document.createElement('td');
//     td.innerHTML = Math.toScientific(bioProcesses.list[i].genes.length,3);
//     tr.appendChild(td);
//     x$("#table table tbody")[0].appendChild(tr);
//   }  
// }

// var renderProcessesTable = function() {
//   
//   for (var i = 0; i < bioProcesses.list.length; i++) {
// 
//     var tr = document.createElement('tr');
//     var td = document.createElement('td');
//     td.innerHTML = bioProcesses.list[i].desc;
//     tr.appendChild(td);
// 
//     var td = document.createElement('td');
//     td.innerHTML = Math.toScientific(bioProcesses.list[i].genes.length,3);
//     tr.appendChild(td);
// 
//     var touchHandle = (function(n) { 
//       return function(e) {
//         var gl = bioProcesses.list[n].getGenesInContext();
//         geneMatrix.hiliteList(gl);
//       }
//     })(i);
//   
//      var longTapHandle = (function(n) { 
//       return function(e) {
//         selectionMgr.set(bioProcesses.list[n]);
//       }
//     })(i);
//     
//     x$(tr).on('touchstart',touchHandle);
//     x$(tr).on('touchend',function(){
//       geneMatrix.dehiliteList();
//     });
// 
//     // Double tap and Long Tap, both mapped to select
//     x$(tr).on('dblclick',longTapHandle);
//     x$(tr).on('longTap',longTapHandle);
//     
//     x$("#table table tbody")[0].appendChild(tr);
// 
//   }
// }